Researchat.fm

アイデアとノートの取り方、ノートの変遷、Zettelkasten (ノート作成方法)について話しました。Shownotes MOLESKIN … みんな大好きなMOLESKINのノート MOLESKIN クラシック ハード 方眼 ラージ (Amazon) … これの色違いを使っています。もらい物ですが…ただ万年筆との相性は悪い。(tadasu) 宮崎駿さんとMOLESKIN (Twitter) … @machizo3000 さんのツイートを引用させていただきました。 石井裕 (Wikipedia) … Twitter @ishii_mit Hideshi Hamaguchi (Wikipedia) … Twitter @hideshione Rollbahnのノート (Amazon) … 以前tadasuが使っていたノート RHODIAのノート (Amazon) … こちらも人気が高い Leuchtturmのノート (Amazon) … こちらも大人気 LAMY Safari 万年筆 … 大人気のLAMYの万年筆 Number 勝利を掴む13の方法論 あの人のノートが見たい。 … 2009年の記事でした。アスリートのノートを大量掲載した号 本田圭佑 (Wikipedia) … △ 本田大三郎 (Wikipedia) 本田多聞 (Wikipedia) 中村俊輔 (Wikipedia) 夢をかなえるサッカーノート (Amazon) Researchat.fm Episode 10 … 自作キーボードについて話した回。最近自作キーボード流行っているようです。 ボールペン: Jetstream (Amazon) Bicのボールペン (Amazon) … tadasu愛用の硬派なボールペン。ゴリゴリ書ける。 ダイスキン … DAISOのMoleskin風ノート filmarks 無印4コマノート 舟を編む (Amazon) … 辞書を作るというある出版社に勤める主人公を巡るすばらしい映画。 松田龍平と宮崎あおいがとてもよい演技をしている。 京大式カード (Amazon) 知的生産の技術 (Amazon) 美意識と神さま (Amazon) … Sohは高校生の頃にこの本を読み、民俗学に強い興味を持った。 地球時代の人

バイオテクノロジーと枯れた技術の水平思考、ピタゴラスイッチ、507 Mechanical Movementsについて話しました。Shownotes 任天堂 (公式サイト) … 任天堂 横井軍平 (Wikipedia) 宮本茂 (Wikipedia) 岩田聡 (Wikipedia) 桜井政博 (Wikipedia) 田尻智 (Wikipedia) 横井軍平ゲーム館 (Amazon) … 横井軍平さんが作ったおもちゃとゲームに対する考えを一通り学ぶことができる。 山内溥 (Wikipedia) … 3代目任天堂社長 ゲーム&ウォッチ (Wikipedia) ウルトラハンド (Wikipedia) ラブテスター (Wikipedia) 枯れた技術の水平思考 … 今回のエピソードでは、枯れた技術について推しすぎたかもしれませんが、もちろん最先端の技術も必要で、バランスが重要です。素晴らしいアイデアとテクニックであっても使えないのであれば意味がありません。この辺りはそれぞれのスタンスによると思いますが。 水平思考 (Wikipedia) Livet et al., Nature (2007) … Brainbowに関する論文。蛍光タンパク質とCre-loxシステムの組み合わせによる美しいメソッド CYP,YFP,RFP … 蛍光タンパク質。それぞれCyan, Yello, Red Fluorescent protein Cre-lox system (Addgene Blog) optical barcoding … 蛍光標識により細胞を染め分けてトラッキングする。 Chen et al., Science (2015) … expansion microscopyに関する論文。組織内外における微細構造を超解像イメージングによって明らかにするのではなく、元の構造を維持しながら膨らませることによって、通常のイメージングでも可視化することに成功した。 Dekker et al., Science (2002) … PCRによってゲノムの高次構造を明らかにしようとした論文。この後発展を遂げ、Hi-Cという名前でクロマチン業界を席巻している。 Researchat.fm, エピソード24 … PCRを発明したKary Mullisや、DNA

エンタメの旬、オンライン指導、おすすめの漫画紹介(大盛)、受動的・能動的情報摂取、ポッドキャストのプレイリストについて話しました。Shownotes バーチャファイター2 (Wikipedia) ストリートファイターII (Wikipedia) 梅原大吾 (Wikipedia) FPS (Wikipedia) VALORANT ゲームブック (Wikipedia) 円城塔 (Wikipedia) にゃんたんのゲームブック TRPG (Wikipedia) 遊☆戯☆王 (Amazon) Street Fighter V (Amazon) 鉄拳7 (Amazon) Mortal Combat 11 (Amazon) グラブルファンタジーヴァーサス (Amazon) Twitch Mildom ふ〜ど (Wikipedia) 倉持由香 (Wikipedia) jikoken TV Discord ヒナまつり … いつか紹介しようと思ってたら、単行本に『次巻最終回！』と書かれていて焦って今回いっぱい漫画紹介することにしました、 ダンジョン飯 久井涼子 … ダンジョン飯の作者 竜の学校は山のうえ … 久井涼子先生の短編 竜のかわいい七つの子 … 久井涼子先生の短編 ひきだしにテラリウム … 久井涼子先生の短編 ホーキーベカコン … twitterで公開中の本編と番外編 谷崎潤一郎 春琴抄 … 上記ホーキーベカコンの原案、2016年に谷崎純一郎先生の著作権が切れパブリックドメインとなった 路地恋花 … 以前紹介した京都の職人長屋を舞台とした漫画 小路花唄 … 路地恋花の続編 ラグナクリムゾン 異世界おじさん … ep10で紹介 乙嫁語り 森薫「乙嫁語り」 … コミックナタリーさんのインタビュー記事。ヤバイ作画の漫画制作動画が盛り沢山です。 別式 別式(Wikipedia) … 別式の由来を説明しきれなかったのでこちらで補足。『別式（べつしき）は、江戸時代に諸藩の奥向き（幕府の大奥にあたる）で活動した女性の武芸指南役。別式女、刀腰婦、帯剣女とも呼称された』(Wikipediaより) 宇宙賃貸サルガッ荘 … 別式の作者、TAGRO先生の漫画 変ゼミ … 別式の作者、TAGR

改良型のCRISPR–Cas9によるゲノム編集ツールAFIDと変異パターンの予測について原著論文を紹介しました。Shownotes Precise, predictable multi-nucleotide deletions in rice and wheat using APOBEC–Cas9, Nature Biotechnology 2020…今回はこの論文を紹介しました。APOBEC–Cas9 fusion-induced deletion systems (AFIDs)と呼ばれるゲノム編集技術です。 Non-homologous end joining (NMEJ)…Cas9で誘導される二本鎖DNA切断が修復される仕組みの一つ。 Researchat.fmで話した過去のCas9関連エピソード…これまでにep2、ep22、ep31などでCas9やゲノム編集について話しています。 31. Editing the unedited, Researchat.fm…PrimeEditingと呼ばれるゲノム編集技術について原著論文を解説しました。 APOBEC3と病態：APOBEC3によるゲノム変異と発がん (Journal of Japanese Biochemical Society 88(5): 576-581 (2016))…今回の論文で使われているAPOBECについての詳しい日本語のレビュー論文です。 Uracil-DNA Glycosylase (UNG)…Cas9のC末端に融合されたタンパク質の一つ。分子生物学の実験に使われたりしています。 AP site (apurinic/apyrimidinic site) (Wikipedia)…核酸塩基が抜けた部位のこと。ウラシルはUDGによってAP siteになることが知られています。 Base excision repair (BER) (Wikipedia)…DNA修復の重要なパスウェイの一つ。APOBECによって変換されたウラシルはこのパスウェイによって修復される。 DNA Repair Profiling Reveals Nonrandom Outcomes at Cas9-Mediated Breaks. Molecular Cell, 2016…Cas9によって引き起こされる欠失変異のパターンはランダムで

英単語の不規則な複数形とグラフィティについて話しました。Shownotes Joe Rogan … マッチョな徹子の部屋、ことJoe Roganのポッドキャスト タコが鷲を食べようとしている動画 … 鷹ではなく鷲でした 単複同形 … 単複両形ではなく単複同形です。恥ずかしい。 ラテン語起源の変化、ギリシャ語起源の変化 us -> i … nucleus -> nuclei, radius -> radii, stimulus -> stimuli, focus -> foci, fungas -> fungi, alumnus -> alumni, syllabus -> syllabi a -> ae … alga -> algae, larva -> larvae um -> a … medium -> media on -> a … phenomenon -> phenomena, criterion -> criteria, mitochondrion -> mitochondria, automaton -> automata, archaeon archaea 野坂オートマタ美術館 … 最高の美術館。オートマタをこれでもかというぐらい堪能できます。 手紙を書くオートマタ … 天才時計職人、Pierre Jaquet-Drozの作。時計とオートマタ、興味深すぎるのでまた今度話したい。 nier:Automata … ニーアオートマタ、名作ゲームです。 The Writer Automataの動画 ma -> mata … chiasma -> chiasmata, diploma -> diplomata -> enigma -> enigmata, stigma -> stigmata ポケモンの名前(海外) Abra, Kadabra, Alakazam … ケーシィ、ユンゲラー、フーディンのこと ケーシー高峰 エドガー・ケイシー … ケーシィのモデルはもちろんエドガー・ケイシーです。ケーシー高峰じゃないよ。し、知ってたから…(震え声) ハリー・フディーニ … フーディンのモデルとされ

バターコーヒーの自作、ゲーム実況の面白さと視聴コンテンツを探す労力問題、おすすめのYoutubeやアニメについて話しました。Shownotes Bullet Proof Coffee (バターコーヒー, 完全無欠コーヒー) シリコンバレー式 自分を変える最強の食事…この本がバターコーヒーの元ネタ。一時期話題になっていた。バターコーヒーでは痩せない(tadasu談 n=1) tadasuのバターコーヒーの作り方: コーヒー:250-500ml + グラスフェド無塩バター:15g + MCT oil: 15ml -> ミキサーでドン！！！ グラスフェド無塩バター…日本は無塩バターが高いな…さすがに…しかもこれがいいのかはわかりません… MCTオイル (Amazon)…これも日本だと高いですね…ココナッツオイルで代替可能です。 ギー (Wikipedia) ゲーム・オブ・スローンズ (Amazon) 水曜どうでしょう (北海道テレビ) 水曜どうでしょう: お遍路 (Amazon)…Netflixでもいくつか見れるぞ うどん本陣山田家…セルフとはまたちがう品格が感じられる香川のうどん Lofi hip hop radio - beats to relax/study to (Youtube)…こんな感じで無限にresearchatを流したい Project Winter (ゲーム)…別名雪山人狼。研究者雪山人狼やりたい。そしてウィンタープロジェクトってずっといってたのが恥ずかしい。 Spatial chat ビンタ大会 in ロシア (Youtube)…ただただその力のぶつかり合いにうっとりする パンジャンドラム (Wikipedia) Besiege (ゲーム) P1グランプリ…ニコニコ動画版はこちら Chef Ropia…プロのためのプロによるイタリア料理動画チャンネル BBQ Pit Boys ミクソロジーカクテル Cafe Bar Nemanja…ミクソロジーカクテルのお店。行きたい。 Le CAFE MARCEAU…横浜駅YCAT前。羽田に行く前、もしくは帰ってきた後はここのお店。ライディーンというカクテルを頼むとジャグリングが始まる。一回オーダーが入るとお店からしばらく出られなくなるので時間がカッチンの時は注意。

動物の体外で培養された細胞により作られた培養肉、さらに植物性の代替肉や代替卵について話しました。Shownotes Choudhury et al., Trends in Biotechnology (2020) … 最新のCultured meat(培養肉)界隈について How it’s made: Cultivated Meat … 上記論文を書いた著者のblog。Cultured meatについての全ての情報が書かれている。必読。 Sayamaさん(@Sayamabio)のtweet … いつも素晴らしいBiotechnology関連の情報をくださるsayamaさんのツイッターで上記の論文とblogの情報を知りました。ありがとうございます。 Cultured Meat Company … Cultured meat関連会社まとめ。上記のblogがまとめている神情報。これ無料で大丈夫ですか？日本からはIntegricultureとNU Proteinの2社がエントリー(2020/06/06 Cultured meat (Wikipedia:en) … 培養肉 Tuomisto and de Mattos, Environ. Sci. Technol. (2011)) … Cultured meatにより達成される課題のまとめ Mark Post … 2013年に培養肉ハンバーガーを初めて出した。 Mosa Meat … Mark Post教授率いる培養肉のベンチャー企業。FBS無し培地による細胞培養に成功している。 Memphis Meats Aleph Farms BIOMILQ … 母乳を細胞農業によって作ろうとしている会社 VOW Foods … オーストラリアの培養肉会社。カンガルー肉も作っている？ @round … 鎌倉にあるオーストラリア料理店。tadasuとsohは2011/03/03に食事した。 国連による人口の情報(2019) 2050年、世界の人口は97億人になる 77億人(2019) 109億人(2100) それにしたがい、食料生産量は70%増加する 食肉生産の能力は、土地と水の資源が限られているために制限されている。 Cultured meatは、より少な

RNA分子の空間的な近接性を計測するRIC-seqという手法について、原著論文を紹介しました。Shownotes RIC-seq for global in situ profiling of RNA–RNA spatial interactions. Nature 2020…今回紹介したRIC-seqの原著論文へのリンク。 核酸の二次構造 (Wikipedia) RNA結合タンパク質 MBLライフサイエンス ノンコーディングRNA動態解明の最前線 (pdf) Micrococcal Nuclease, NMase (NEB) Ep16, Researchat.fm…エピソード16では分子の近接性から空間構造を再構成するさまざまな方法について解説しています。 Comprehensive Mapping of Long-Range Interactions Reveals Folding Principles of the Human Genome. Science 2009…Hi-C法のオリジナル論文。 平成29年度 NGSハンズオン講習会 Hi-C解析…Hi-Cのデータ解析についてはこの資料がよくまとまっている。 RNA Duplex Map in Living Cells Reveals Higher-Order Transcriptome Structure. Cell 2016…RIC-seq論文のなかで類似手法として比較されたPARISという方法の原著論文。 クライオ電子顕微鏡について AUC/ROC曲線 (三重大 奥村先生) 疾患におけるA-to-I RNA編集酵素ADAR1の役割 (生化学 2016年)…RNA編集についての詳しくてわかり易い日本語解説論文。 RNA Conformation Capture by Proximity Ligation. Annual Review of Genomics and Human Genetics 2020. Editorial notes 技術もさることながらその論文のストーリーがとてもよかった (soh) PUBG-seqとか出てこないかな (coela) Hi-Cはproximityをベースにはしているはずなのですが、実際の距離はわからないので、オリジナル論文に従ってcontac

第二回異世界分子生物学会の周辺について話しました。Show notes 第2回異世界分子生物学会(本) … 感想は #異世界分子生物学会 でよろしくお願いします。 第2回異世界分子生物学会(電子) 第1回異世界分子生物学会(本) 第1回異世界分子生物学会(電子) 日本分子生物学会 怪獣生物学入門 … 理研 倉谷滋先生が描く、怪獣デザインとは何か。SF作品に登場する架空の生物のリアリティーについて第一線の発生生物学者が解説する。これこそ異世界発生生物学会といえる。 researchat.fm ep38 … dessanといろいろ語った回。dessanが異世界分子生物学会に投稿した作品についてはこのエピソードで話されています。 思弁的実在論 Christian de Duve 進化の特異事象 質疑応答 … 異世界分子生物学会における質疑応答用のハッシュタグ 真性半陰陽 オメガバース 国産み 淤能碁呂島 鬼滅の刃 ハニーワゴンメモリーズ … dessanのうんちバイオパンクSF作品。必読です。 トクロンティヌス … 世界最高峰のゲノムデザイナーでありながら、売れっ子Web小説家としての顔も持つトクロンティヌス先生。一体何本の連載を持っているのか。いつ更新が行われるのか。それはトクロン大先生ですら知り得ないこの世の不思議である。トクロン先生のカクヨム 人鳥暖炉 … 星新一賞を受賞された研究者。今回の第二回異世界分子生物学会長である。人鳥暖炉先生の小説 やまけん … 今回の組織委員長。ツイートをみるに、今回の異世界分子生物学会はやまけんさんがいなければ成立しなかったであろう。やまけん先生の小説 Ayane … 今回の異世界分子生物学会では、鬼滅の刃についての作品を書かれている凄腕テクニシャン。分子生物学実験のあるある漫画は必読。あるあるすぎて怖い。Ayane先生の漫画 いんよう第82回 … 大人気ポッドキャストのいんよう。こちらでも異世界分子生物学会について話されています。 第二回異世界分子生物学会に参加された方の中でresearchat.fmのshow notesにおいて紹介したい作品があった場合、連絡していただければ掲載いたしますので、ご連絡いただければと思います。 Editorial notes 私のシェアハウスで

科学論文の探し方、読み方とその楽しみ、そして理想の論文について三人で熱っぽく話しました。Shownotes Nature Review Cancer…Natureが出版しているレビュー誌の一つで、がん研究に関連する論文を取り扱う。 Nature Review Genetics…Natureが出版しているレビュー誌の一つ、遺伝学に関連する論文を取り扱う。 Boston Chromatin Club Blog Karl Deisseroth (Wikipedia)…光遺伝学の開祖 DNA microscopy, researchat.fm…これについては、エピソード16で解説しています。 物体にデータをエンコードできる「モノのDNA」の時代が、小さなウサギのフィギュアから始まった (WIRED) Eric Lander (Wikipedia)…Genomicsを作った重鎮のうちの一人。 Leonard Adleman (Wikipedia)…AdlemanはDNA computingという分野を作った。これについては、エピソード24で紹介しています。 Researchmap OCRID…研究者に固有のidを付与することで業績と人物を関連させるためのIDシステムとそのwebサイト。 Gene to Cells…日本分子生物学会の発行する論文誌 Cold Spring Harbor Lab Press ABC予想の京大 望月先生のホームページ abc予想の主張を理解する (Youtube)…教育系Youtuberヨビノリさんのこの解説動画はとてもわかり易くてよかったです。 Cell Press, STAR Methods ripgrep-all (Github)…“rga: ripgrep, but also search in PDFs, E-Books, Office documents, zip, tar.gz, etc.”とのこと。めちゃ便利そうですね。 fzf（fuzzy finder）の便利な使い方をREADME, Wikiを読んで学ぶ…コマンドラインから曖昧検索をするツール エスペラント語…一般社団法人日本エスペラント協会なんてものがあるんですね。 形式言語の構文と意味 Unix哲学 (Wikipedia) Between

クモについて詳しいゲストを迎え、フリーハンドで丸と直線を描くトレーニング、メールで進むかまいたちの夜、自作PC、論文管理の難しさ、趣味としてのポッドキャスト、コーディング環境とWet/Dryのデータ管理について話しました。Show notes Readable Lab NotebookのTipsを集めたいので、ご協力いただける方はtwitterにつぶやいていただくか(我々が検索可能な形であればうれしいです)、お便りコーナーから連絡いただけると助かります。そのうちまた紹介したいと思います。 幻影旅団 HUNTER×HUNTER (Amazon) フリーハンドで丸と直線を書く…デザイナーの山中俊治さんによると、 「今でもスケッチを描く前には、初心に返って、一枚の紙を楕円で埋めつくすことから始めます」 とのことです。 手塚治虫 (Wikipedia) かまいたちの夜ニワンゴ版…JavaとPHPで実装されていた ニワンゴトップページ…Internet Archive (2009年)。懐かしい。ちなみにこの頃、ニコニコ動画は Youtube の上にコメントを表示するサービスでした。 Linux Ubuntu AMD Ryzen 7 3700X NVIDIA Tesla V100 32GB GTX 1070 Ti…このあたりがお値段も手頃で良い。 CUDA AWS 光るメモリ…どうだ明るくなったろう。 光るキーボード…明るい！ LG 27 inch UltraFine 5K Display Apple Pro Display XDR MacBookProの車輪 MacBookProの脚 液浸冷却 サーバを丸ごと液体に浸して冷やす「液浸冷却システム」【FUJITSU JOURNAL】…解説があります。ドッキリに使えそう。 MOD PIT 02: The end results (水冷式)…見てると欲しくなりますよね。 EK’s ultimate CPU water block…格好いい。 TSUBAME フロリナート Zotero…論文のPDF管理ソフトのうちの一つ。Nakamuraさんが使っている。 Mendeley GoodNotes…iPadで手書きメモ Blue Microphones Yeti USB

クモに詳しいゲストをお呼びして、クモについて話しました。Show notes Albert-László Barabási … scale-free networkで知られるネットワーク科学研究者 Uri Alon … システム生物学の研究者。 Uri Alonによるシステム生物学の授業 (YouTube) … 以前から更新されているUri Alonによるシステム生物学の授業。授業の中でリラックスのために深呼吸を促すこともある。 システム生物学入門 (Amazon) … Uri Alonによるシステム生物学に関する入門教科書。 ネットワーク科学: ひと・もの・ことの関係性をデータから解き明かす新しいアプローチ (Amazon) … Barabásiらによるネットワーク科学の教科書 クラスタリング係数 The Extended Phenotype: The Long Reach of the Gene … Richard Dawkinsによる外部表現型に関する解説本 Bond et al. 2014 (Current Biology) … クモの巣の分類と分子系統進化に関する論文。クモの巣を作る能力は複数回獲得されたのか、それとも複数回失われたかについての議論。 Coddington et al. 2019 (PeerJ) … Bondグループによる最新の論文。 クモの巣について … クモの巣について。こちらを読むと理解が捗ります。 ハラフシグモ … ハラフシグモ科のクモ。腹部に体節の痕跡がある。かわいい。 ナゲナワグモ … 粘球のついた投げ縄を使って獲物を捕まえるクモの総称。日本にはムツトゲイセキグモ、マメイタイセキグモが生息している (谷川 1997)。ムツトゲイセキグモの生態については、新海らによる報告に詳しい (新海 and 新海 2002) オオヒメグモ … 人家やビルなどの人工物の近くによくいるクモ。円網ではなく、一見不規則な不規則網を張る。ゲノムが解読されている 、成体になるまでの期間が短い(2 ~ 3 ヶ月)、飼育がしやすいという理由から、発生の研究に使われており、JT生命誌研究館の小田広樹氏らによって発生生物学的なツールが精力的に整備されている。 (Oda and Akiyama-Oda 2020) ジョロウグモ … 秋に成体となる大型

RNA分子の局在を一斉に捉えるイメージング技術とそれをささえる巧妙な方法について原著論文を解説しました。Show notes elmo囲い 電王戦 Single-cell in situ RNA profiling by sequential hybridization. Lubeck et al Nature Methods 2014…CaiらによるSeqFISHのオリジナル論文。無料で読めます。 Ep16. Beyond imaging (Researchat.fm)…エピソード16回ではイメージングせずに位置情報を再構成するDNA Microscopyについて解説しています。 WHAT IS SEQFISH?…CaiらによるSeqFISH技術紹介のページ。とてもわかり易いです。 Spatially resolved, highly multiplexed RNA profiling in single cells. Chen et al Science 2015…MARFISHのオリジナル論文。こちらも無料で読めます。 パリティビットの意味と誤り検出、誤り訂正の方法…誤り訂正に関する解説。 ハミング符号 : データの誤り検知/訂正をインタラクティブに学ぶ…MARFISHのプローブの設計において用いられた誤り訂正符号の一つ。 Researchat.fm お便りフォーム…Researchat.fmではリスナーの方からのお便りを募集中です。よろしくお願いします。 無能なナナ…おすすめマンガ JAPAN PODCAST AWARDS Editorial notes うまく解説できたか心配ですが、興味があるひとはこれを取っ掛かりに論文にもチャレンジするのもよいかもしれません (soh) RNAの局在は非常に興味深いテーマですね、めっちゃ勉強になりました (coela) Coela先輩は本当に意識が高いんですね。すばらしいスピーチでした (tadasu)

仕事タスクを最適化できない問題、ロードマップと攻略、門戸の広げ方、教科書の読み方とウェブ授業、DeepLの使用感について話しました。Show notes 梅原大吾 ゲームパッド ファイティングエッジ刃 … プロゲーマーsakoさんが開発に関わり、大会でも使用しているアーケードコントローラー。最近coelaも買いました。 Hit Box … ボタンしかないアーケードコントローラー（レバー操作もボタンで行う）。プロゲーマーの梅原大吾選手も大会で使用している。 vim … テキストエディタ emacs … テキストエディタ Yeti Blue … researchatメンバーが収録につかっているマイク WEB DEVELOPER ROADMAP 2020 … Webデベロッパに必要な知識・技術のロードマップ。 roadmap.sh … 同作者によるロードマップまとめページ。フルスタックエンジニア・QAエンジニア版も準備中な模様。 ひろゆき やる夫で学ぶ 多湖輝 頭の体操 … 多湖輝先生の名著。世の中は頭の体操を通った人か通っていない人かに二分される。世の中の見え方が変わる最高の本。 イシューからはじめよ … 問題解決のための最強本。これを読めばあなたの人生観が変わります！！！(宣伝) Fate/Grand Order … coelaおすすめのスマホゲーム ヨコから見る世界史 桃太郎電鉄 クマムシさん researchatくん … researchatのtwitterアカウントヘッダーにいつの間にか居たresearchatのマスコット（？） CasX君 … tadasu考案のゆるきゃら もやしもん … 菌が（肉眼で）見える主人公が農業大学で生活していく漫画。かわいい菌がいっぱい出てきます。 ウルトラ怪獣擬人化計画 プロゲーマーボンちゃん … Street Fighter V のトッププロゲーマー、ボンちゃんのYoutubeチャンネル。初心者向けのコンテンツがたくさんあります。 ヨビノリたくみ 苑田尚之 … 最強の苑田の物理。coelaは薫陶を受けた。 Molecular Biology of the Cell … バイオを志す学徒であれば必読の一冊。分厚すぎる…意識高い勢はもちろん英語。 細胞の分子生物学 … や

ゲストにkotoneさんを招き、ディープラーニング、機械学習とそのアルゴリズムや計算用マシンについて話しました。Show notes 機械学習 (Wikipedia) ディープラーニング(深層学習) (Wikipedia) ニューラルネットワーク (Wikipedia) パーセプトロン (Wikipedia) GPU (Wikipedia) ディープラーニング入門 Chainer チュートリアル 株式会社 Preferred Networks Chainer NVIDIA CUDA-X GPU-Accelerated Libraries for AI and HPC Preferred Networks、1024個のGPUでディープラーニングの世界最高速を実現と発表 NARUTO -ナルト- 疾風伝 ナルト全巻セット ImageNet…学習用の画像データセット 畳み込みニューラルネット(Wikipedia) THE MNIST DATABASE of handwritten digits…手書き文字認識用のデータセット 誤差逆伝播法 (Wikipedia)…バックプロパゲーション Data Parallelism VS Model Parallelism in Distributed Deep Learning Training…データ並列とモデル並列の違い Extremely Large Minibatch SGD: Training ResNet-50 on ImageNet in 15 Minutes (arXiv)…PFNが達成した超高効率データ並列学習 One weird trick for parallelizing convolutional neural networks (arXiv)…畳み込みニューラルネットワークのモデル並列化 Performance Analysis of a Pipelined Backpropagation Parallel Algorithm (IEEE)…パイプライン化による層並列化の検証 GPipe: Efficient Training of Giant Neural Networks using Pipeline Parallelism (arXiv)…マイクロバッチパイプラ

PCR(ポリメラーゼ連鎖反応)の原理について基礎から話しました。dessanをゲストに迎えました。Show notes PCR(ポリメラーゼ連鎖反応) … 特定のDNAサンプルから目的のDNA配列を増幅させる方法。分子生物学における最も基本的な実験の一つ。 DNA(デオキシリボ核酸) … 地球上の生命体の遺伝情報を司る高分子化学物質。いわゆるDNA。 水素結合 … 水素間で起きる非共有結合性の相互作用。2本のDNA鎖が反平行に配向し二重らせん構造を形成する際、A-T,G-Cの間は水素結合によって結ばれる。A-Tは2個、G-Cは3個の水素結合によって結ばれるため、結合の強度が異なる。共有結合やイオン結合と比べて弱く、ファンデルワールス力よりは強い。 DNAポリメラーゼ … DNAを複製するために必要なタンパク質。普通のタンパク質は高温にすると失活して壊れてしまうため、PCRのようにサンプルを高温状態にするとDNAポリメラーゼは失活してしまう。初期のプロトコルではこのため、毎回DNAポリメラーゼが入れ替えられていたが、高温化で生息する好熱性細菌から耐熱DNAポリメラーゼが発見され、PCRが一気に広まった。 半保存的複製 … 相補的な二本鎖DNAがどのように複製されるのか。DNAが非常に情報メディアとして特有の振る舞いをみせる。DNA複製システムを明らかにしたのはスタールとメセルソン。メセルソンについてはep7を参照のこと。 DNA複製 … 生物が細胞を倍加していく上で、遺伝情報を担うDNAも二倍にする必要がある。 プライマー … DNAポリメラーゼは基本的に一本鎖DNAをそのまま複製することはできず、一旦二本鎖にする必要がある。その時に使われるのがプライマーと呼ばれる短い塩基配列である。生体内では基本短鎖RNAでPCR上では短鎖DNAが用いられる。 サーマルサイクラー … PCRのためにサンプルの温度を上下させるための機械 電気泳動 … 荷電している分子を電場中で移動させる。これによりDNAやタンパク質を分離する方法。 RNAウィルス … 遺伝物質としてRNAを用いているウィルスのこと。 エチジウムブロマイド … 二本鎖DNAに架橋する。紫外線を当てると蛍光を発するため、核酸の検出などに用いられる。 qPCR(定量PCR) RT-qPCR Researchat

記念すべき第50回は、酵母のストレス環境におけるタンパク質の翻訳制御に関する原著論文を紹介しました。Show notes Cells alter their tRNA abundance to selectively regulate protein synthesis during stress conditions. Torrent et al., Science Signaling (2018)…今回のエピソードで紹介した論文。フリーのオンラインアクセスがあります。 コドン (Wikipedia) … コドンについてはep7とep37(入門編)でも話しています！ tRNA (Wikipedia) RT-qPCR (Wikipedia) … 本論文でtRNAの定量に使われた手法。 グルタチオン(Wikipedia) … グルタミン酸、システイン、グリシンから構成されるトリペプチド。ストレス環境での生育に重要な物質で、リボソームを介さない系で合成される。 tRNAの修飾 … tRNAは複数箇所に修飾を受ける。リンク先のFigure 4ではYeast tRNAの修飾箇所が示されている。 Codon Adaptation Index(CAI) … 最も良く使用されるコドンユセージ解析の指標。雑に説明するとあるたんぱく質の配列が与えられた際、高発現たんぱくが使用しているコドンと比較することでその発現量を予測するのに使用されたりする。 tRNA Adaptation Index(tAI)… 上記CAIから着想を得て開発された指標。あるたんぱく質が与えられた際に、その配列がどの程度細胞内のtRNAプール適応しているかを計算する。実際のtRNAの数を数えるのは難しい場合が多いのでゲノム中にコードされたtRNAのコピー数と相関があるという仮定から類推されたりする。 Gene Ontology(GO) … 生物学的概念を共通の語録で記述するためのプロジェクト。雑に説明すると「みんな好き勝手に説明しないで、同じ言葉使って遺伝子の説明しようよ！」。 GO slim … 上記GOの縮小版。これまた雑に説明すると本家GOの階層が深くて複雑なので、ある遺伝子集団のざっくりとした傾向をつかみたいときなどに便利。 クローバーリーフ構造 … tRNAの二次構造は３つの腕を持つクローバーリーフ構造を

「わたしは人類」と「柿ゲノム」の共通項を無理やり探しました。Show notes 死がふたりを分かつまで やくしまるえつこ　わたしは人類 (YouTube) やくしまるえつこさんによる「わたしは人類」の解説 … やくしまるえつこさんによるわたしは人類の解説。ぜひ読んでいただきたい。 やくしまるえつこさんによる「わたしは人類(I’m Humanity)」の解説 … シアノバクテリアと塩基の情報があります。 Ohno and Ohno. Immunogenetics (1986) … 大野夫妻によるDNA music論文のオリジナル Susumu Ohno, DNA Music (YouTube) 空間知覚拡張のための“聞こえる化”デバイスの開発 … 未踏2015にて発表された「聞こえる化」のデバイス Genomes OnLine Database: GOLD … ここで既に読まれた、もしくは現在進行中のゲノムプロジェクトを調べることができます。 Akagi et al., Science (2014) … 柿のY染色体のゲノムシーケンシングとRNA-Seqを通して、OGIとMeGIという遺伝子を発見した論文。OGIとMeGIはパラログであり、OGIはフレームシフトなどによりタンパク質としての機能は失われ、ncRNAとして働いていると考えられる。植物において初めて性決定遺伝子が同定された。OGIによるメカニズムの詳しいメカニズムは不明と言いましたがRNAiのような仕組みが働いていると考えられているようです。 Akagi et al., PLoS genetics (2020) … 今回の柿ゲノム論文。SiMeGI(Sister of MeGI)を新たなパラログとして同定。Whole genome duplicationとgene duplicationにより、カキノキ属の性決定遺伝子であるOGIとMeGIが作られたことが推定された。 whole genome duplication … 全ゲノム重複。ゲノム全体が二倍になる。 遺伝子重複(gene duplication) … 遺伝子重複。ある遺伝子が二倍になる。 パラログとオソログ Akagi et al., Plant Cell (2018) … キウイフルーツにおける性決定遺伝子「Shy girl」を

レベルEのサキ王女編からスタートし、アメフラシ、ボネリムシ 、半倍数性、ヴォルバキアによる破壊、ゾウリムシ、カモノハシ、オスの三毛猫など、真核生物における多様な性決定システムと性染色体について話しました。Show notes レベルE … 冨樫義博先生の怪作。生物SF満載。マクバク族サキ王女編について言及。 SRY(sex-determining region Y) … 一部の哺乳類において性決定に重要な遺伝子。 Koopman et al. Nature (1991) … SRYをメスのマウスのembryoにおいて発現させてオス化させた論文。 heterogamety …異型配偶子性。XYやZWのような性染色体がヘテロな状態の配偶子をさす。 homogamety … 同型配偶子性。XXやZZのような性染色体がホモな状態の配偶子をさす。 XX型/XY型 … 雌がホモ(同型)、雄がヘテロ(異型)な場合の性染色体の名前のつけかた。 (例)ヒト、マウスなど ZZ型/ZW型 … 雄がホモ(同型)、雌がヘテロ(異型)な場合の性染色体の名前のつけかた。(例)チキンなど XX型/XO型 … 雌がXX、雄がXOという性染色体を持つ場合を指す。Oはこの場合Y染色体が存在しないことを指す。バッタやアマミトゲネズミなどでみられる。 アマミトゲネズミ … 日本の固有種。哺乳類でありながらXO型の染色体を持ち、Sryを持たない。 黒岩真麻 … アマミトゲネズミなどにおける性決定システムの研究者 Bachtrog et al., PLoS Biology (2014) … 性決定に関する網羅的なレビュー。 性 … 生物における性、セックスについて 雌雄同体/同株 アメフラシの交尾 … “アメフラシは雌雄同体で前が雌役、後ろが雄役。数個体か集まると連なるように交尾をします。” Yatsu et al., Scientific Reports (2016) … ミシシッピワニと温度依存の性決定システムについて。温度依存性チャネルとイオンシグナル ボネリムシ 生きものの記録艶説 半倍数性 半倍数性の機構 … 相補モデル、バランスモデル、インプリンティングモデルについて 体細胞分裂 … 真核生物において、一個の細胞から二個の細胞が生み出される現象。染色体の倍数性は維持

新型コロナウィルスの広がりで注目を集めているCas13を用いた簡便かつ高感度な核酸検出法、SHERLOCKという技術について原著論文を紹介しました。Show notes Specific High-sensitivity Enzymatic Reporter unLOCKing…これがSHERLOCKの略！ Nucleic acid detection with CRISPR-Cas13a/C2c2. Science 2017.…SHERLOCKのオリジナル論文。Cas13のもつ無差別なRNA分解活性 (collateral activity)と蛍光プローブを利用することで、ウィルスなど様々な核酸分子の検出を簡便に行う技術の扉を開いた。無料で論文の全文が読めます。 Multiplexed and portable nucleic acid detection platform with Cas13, Cas12a, and Csm6. Science 2018…複数のCas13オーソログと蛍光プローブを組み合わせたSHERLOCK v2により、感度が向上したほか、複数の標的を一度に検出できるようになった。 Sherlock Biosciences…Feng Zhangなど開発者たちはベンチャーを立ち上げSHERLOCKの技術開発、とくに医療応用を目指している。また昨年、大型の資金調達にも成功している (3,500万ドル, 38億円)。 CRISPR-Cas12a target binding unleashes indiscriminate single-stranded DNase activity. Science 2018…Jennifer DoudnaらのチームもDETECTRという類似の技術を開発し、Mammoth Biosciencesというベンチャーを立ち上げた。こちらも大型の資金調達 (4,500万ドル, 49億円)に成功しており、競争は激化しており大きな市場が見込まれている。 Mammoth Biosciences 遺伝子編集ツール開発のMammoth Biosciencesが約49億円調達 (TechCrunch) A protocol for detection of COVID-19 using CRISPR diagnostics…SHERLOCKによる